Jätkub eelmisel korral alustatud teema külma sõja aegsetest vana kooli spioonimängudest. Calleni rühm saadetakse uurima tulevahetust, mille ainsaks tunnistajaks on rängalt traumeeritud luureohvitser. Kui aga Kensil mehega liiga lähedased suhted tekivad, pööravad rakkerühma liikmed omavahel tülli ja Callen peab lisaks juhtumi lahendamisele ka oma erirühma tuleviku päästma.

Calleni erirühm jätkab riigisaladusi sisaldava märkmiku otsinguid. Olukord muutub üha pingelisemaks, sest kõik viitab sellele, et lisaks NCIS-ile otsivad märkmikku ka mitmed välisagentuurid ja terroristid. Selleks, et delikaatset infot kaitsta, ei jää Callenil üle muud, kui võtta tarvitusele äärmuslikud abinõud.

Callen ja Sam saadetakse uurima antiigikaupmehe mõrva, kelle poest varastatud kraami hulgas on ka riigisaladusi sisaldav märkmik. Kuna tegemist on üliväärtusliku ja ka ohtliku infoga, avastab Callen peagi, et nad pole sugugi ainsad, kes kadunud märkmiku jälgi ajavad.

Tippterroriste jahtinud endine mereväeseersant leitakse tapetult ja Callen kahtlustab, et tegu võib olla kättemaksuga. Juhtum osutub aga oodatust keerulisemaks, sest Deeks muutub ühe tunnistajaga liigagi lähedaseks häirides nii juurdluse käiku ja tekitades Calleni rühmas sisepingeid.

Välisministeeriumi ametniku ja ilukirurgi topeltmõrva uuriv Callen peab leidma ainsa tunnistaja, kes nägi tapjaid enne, kui nende näod kirurgiliselt rekonstrueeriti. Ülejäänud rühm peab samal ajal välja selgitama, mis uue välimuse ja identiteedi saanud kurikaeltel tegelikult plaanis on.

Relvastatud kurjategija võtab mereväe värbamiskeskuse töötajad pantvangi ja ähvardab nad ära tappa, kui tal ei lasta rääkida NCIS-i erirühma juhiga. Kohale saabunud Callen avastab üllatusega, et tegu on tema endise kolleegiga, kellel on oma kunagisele sõbrale meeleheitlik palve.

Calleni erirühm peab kiirustama, et leida kindrali tütar, kes on kuskile elusalt maha maetud. Kuigi süüdlane on vahi all, keeldub ta tüdruku asukohta paljastamast ja nii peabki Callen kogu oma kavaluse ja oskustepagasi mängu panema, et leida tüdruk enne, kui too lämbub.

Beverly Hillsist leitakse noore mereväelase surnukeha, millelt on parem käsi ära lõigatud. Veider juhtum äratab Calleni tähelepanu ja ta avastab, et hukkunud sõduril oli ligipääs mereväe salajastele dokumentidele. Paljastub vandenõu, mis näib olevat seotud USA erioperatsioonidega Iraagis.

Kensi ja Deeks sõidavad kõrbesse, et otsida Mehhiko piiri lähedal kadunuks jäänud nelja mereväelast. Suur on nende üllatus, kui nad avastavad, et armee pole nende abist huvitatud, vaid üritab lugu hoopis kinni mätsida. Nate saab endalegi ootamatult Hettylt ülisalajase missiooni.

NCIS-i vapustab ühe nende agendi mõrv ja Sam ning Callen võtavad tapja leidmise oma südameasjaks. Kui aga selgub, et keegi on andnud palgamõrvaritele terve nimekirja tapmist vajavatest agentidest, peavad Callen ja Sam selle leidma enne, kui veel mõni nende kolleeg oma maise lõpu leiab.

Teise hooaja avaloos peab Calleni erirühm üles leidma oma politseikontaktisiku Deeksi, kes jäi inimkaubandusvõrgustikku uurides kadunuks. Kuid mida aeg edasi, seda enam hakkab Callenile tunduma, et politsei üritab abikäe ulatamise asemel talle ja ta kaaslastele hoopis kaikaid kodaratesse loopida.

Callen ja Sam saadetakse otsima naist, kes teadvat Lähis-Ida terroristide salajase aarde asupaika. Mida rohkem infot Calleni rühm selle salapärase naise kohta saab, seda segasemaks asi muutub ja Callenile hakkab üha enam tunduma, et naine on kuidagi ka tema enda keerulise minevikuga seotud.

Kui salamissioonil viibiv Callen ootamatult paljastatakse, on selge, et NCIS-s peab infoleke olema. Kuna kolleegidega kontakteerumine paljastaks kogu tema rühma, peab Callen nüüd omapäi välja selgitama, kes, kuidas ja miks NCIS-i salajast informatsiooni kurjategijatele levitab.

Calleni erirühm saab käsu otsida üles ohtlik terrorist, kel õnnestus ühest vanglast teise üleviimise käigus põgeneda. Callen ja Sam peavad kasutama kõiki oma oskusi ja kontakte, et tabada mees enne, kui tal õnnestub riigist lahkuda. Olukorra muudab veelgi keerulisemaks terroristi tausta varjutav saladusloor.

Callen saab ootamatult videolindi, mis tõestab, et tema paari kuu eest röövitud kolleeg Dom on endiselt elus. Callen ja Sam alustavad meeleheitlikke otsinguid, et oma noort sõpra võimalikult ruttu üles leida. Peagi selgub, et tegemist on millegi palju suurema, kui vaid tavalise inimrööviga.

Noore mereväeohvitseri mõrva uuriv Callen satub Hollywoodi intriigide sasipuntrasse, kui selgub, et ohvitser veetis surmaeelse õhtu tuntud meelelahutusmoguli tütrega, kes on aga nüüd jäljetult kadunud. Algab võidujooks ajaga, et leida ainus tunnistaja üles enne, kui ka tema kõrvaldatakse.

Callen ja Sam saadetakse uurima sportliku vabavõitluse organisatsiooni, mille võitlejaid kahtlustatakse merejalaväelase julmas tapmises. Selleks, et sportlaste seltskonda paremini sisse sulanduda, peab kunagi poksiga tegelenud Sam nüüd ise võitluspuuri sisenema ja mitu eluohtlikku matshi maha pidama.

Noore merejalaväelase mõrva uuriv Callen avastab, et noormees oli seotud kohalike tänavajõukudega ja et ka ohvri noorema venna Jamesi elu on ohus. Häda on aga selles, et James kadus pärast oma venna mõrva nagu tina tuhka. Nii saabki Callen võimatuna näiva ülesande kaitsta meest, kelle asukohast tal aimugi pole.

Callen asub uurima illegaalsel kiirendusvõistlusel toimunud õnnetust, mis lõppes noore madruse surmaga. Lähemal uurimisel selgub, et madrus on täiustanud oma autot salajase armeetehnikaga. Sabotaazhi kahtlustaval Callenil ei jää muud üle, kui sukelduda tänavakihutajate kirevasse ja tihti eluohtlikku maailma.

Calleni erirühm peab välja selgitama, kas enesetapu sooritanud leitnant paljastas enne surma oma salamissiooni või mitte. Mida aega edasi, seda kahtlasemaks ametlik enesetapuversioon muutub. Callen on kindel, et tegu oli mõrvaga ja kõik tõendid viitavad sellele, et loosse on segatud Hiina allilmategelased.

Vabal päeval panka külastanud Kensi satub ootamatult pangaröövi tunnistajaks ja otsustab olukorda sekkuda. Kensi saab aga haavata ja ta võetakse koos teiste pangakülastajatega pantvangi. Algab võidujookse ajaga, sest NCSI-i erirühm peab päästma pantvangid enne, kui nende kolleeg verest tühjaks jookseb.

Callen ja Sam saadetakse uurima kummalist laboriõnnetust, mis nõudis viie laborandi elu. Olukord võtab aga ohtlikku pöörde kui selgub, et laboris valmistati suurtes kogustes surmavat LD50 mürki. Kuna aga laborist grammigi seda mürki ei leita, kahtlustab Callen, et mõnel terrorirühmitusel õnnetus endale keemiarelv hankida.

Seminaril viibiv NCIS-i erirühm saab hädakutsungi oma plindris kolleegilt, kes seejärel jäljetult kaob. NCIS ja politsei alustavad ühisotsinguid, et ilmselt inimröövi ohvriks sattunud agenti leida, kuid Callen ja Sam kardavad, et shansid nende sõpra elusana kätte saada on tegelikult nullilähedased.

Kui Calleni poolt kunagi arreteeritud röövel tapetakse, otsustab mees juhtumit omal käel uurida. Ta kasutab oma kunagist kattevarju ja sukeldub LA ohtlikku allilma. Kuid Callen ei tea, et tema kolleegid on otsustanud tal silma peal hoida ja viivad paralleelselt läbi täiesti omaette sõltumatut juurdlust.

Striptiisiklubis tapetud ohvitseri mõrv paljastab keerulise valede- ja intriigiderägastiku, mis on otsapidi ka Sami minevikuga seotud. Samas, kui Callen ja Sam mõrva uurivad, koostab Hetty erirühma liikmete kohta põhjalikke psühholoogiaraporteid, mis toovad päevavalgele nii mõndagi huvitavat.

Käes on jõulud, kuid Calleni erirühm peab puhkamise asemel uurima noore sõduri kummalist mõrva. Plahvatava mobiiliga tapetud sõduri teenistuskäigu uurimine viib ootamatu avastuseni ja Callen mõistab, et hukkunu kõik üksusekaaslased on tõsises hädaohus.

Los Angelest terroriseerib sarimõrvar, kes näib ründavat täiesti valimatult ja kindla motiivita. Calleni erirühmale saabub appi Abby Scuito Washingtoni NCIS-st. Abby on kindel, et sarimõrvari näol on tegemist sama tapjaga, kes mõne aja eest Washingtonis hirmu külvas ja napilt politsei käest pääses.

Callen ja tema erirühm uurivad omakaitseüksust, keda seostatakse noore sõduri jõhkra mõrvaga. Callen kardab, et mõrv on vaid üks väike osa mõnest suuremast plaanist ja edasised sündmused toetavad seda teooriat. Hetty peab samal ajal Washingtonis erirühma tihti tormaka tegevuse kohta aru andma.

Noore venelanna mõrva uurimine toob ootamatult päevavalgele uut teavet tulistamise kohta, kus Callen raskelt haavata sai. Callen hakkab tulistajate jälgi ajama, kuid tema kolleegid on mures, kas nende ülemus suudab ikka seadustest kinni pidada. Nate otsustab asuda Calleni keerulist minevikku uurima.

NCIS-i erirühm uurib, miks noor mereväelane end ööklubi katuselt surnuks kukkus. Kui selgub, et noormees esines klubides tihtipeale ülirikka elumehena, peab Callen välja selgitama, kummale võimalik tapja hammast ihus - kas sõduri või multimiljonärist poissmehe peale.

Põhja-Koreast USA-sse emigreerunud arvutispetsialisti mõrv ähvardab vallandada rahvusvahelise skandaali, sest mees viis endaga hauda mõlemat riiki huvitavad saladused. Lugu uurima määratud agent Callen mõistab peagi, et tegu on juhtumiga, mille lahendamine võib tuua kaasa suurema kaose, kui selle lahendamata jätmine.

NCIS-i rühm saadetakse otsima endist eriüksuslasest ihukaitsjat Walton Flynni, kes olevat tapnud tema kaitse all olnud mõjuvõimsa Iraagi ärimehe. Kuigi kõik tõendid viitavad Flynni süüle, pole agent Callen kindel, kas talle ja tema tiimile räägiti juhtumi kohta ikka täit tõtt.

Armeeõppustel toimunud traagilise õnnetuse käigus läheb kaduma eksperimentaalne mehitamata luurelennuk. NCIS-i erirühm saab ülesande leida kõrgtehnoloogiline ja potentsiaalselt ohtlik lennuk enne, kui see langeb terroristide või relvaärikate kätte.

Agent Calleni erirühm asub uurima tuntud narkodiileri jõhkrat mõrva. Algselt küllaltki lihtsana näiv juhtum saab aga ootamatu pöörde, kui selgub, et mõrvaga võivad olla seotud agent Hanna kunagised relvavennad merejalaväe eriüksuse päevilt.

Algab uus haarav põnevussari NCIS-i Los Anglese osakonna erirühmast, mida juhib noor, kuid üliandekas agent G. Callen (Chris O'Donnell). Ambitsioonika juhi paremaks käeks on endine eriüksuslane ja Lähis-Ida spetsialist Sam Hanna (LL Cool J). Koos oma abilistega lahendavad mehed juhtumeid, mille uurimine käiks teistele korravalveorganitele üle jõu. Avaloos tuleb erirühmal lahendada kentsakas inimrööv, kus miski pole nii, nagu alguses näib ja mängus on ei rohkem ega vähem kui riiklik julgeolek.